נוסף על הסמכות לקבוע שומה לפי מיטב השפיטה (שומת עסקאות ו/או תשומות), שהן למעשה חיוב במס העסקאות ו/או התשומות בתוספת הפרשי הצמדה וריבית,  נתן המחוקק בידי ה'מנהל' סמכות לחייב בכפל מס.

הוראת סעיף 50(א) לחוק מע"מ מעגנת את סמכותו של המנהל לחייב 'אדם' בכפל מס העסקאות אם מצא כי אותו אדם הוציא חשבונית מס או מסמך הנחזה להיות חשבונית מס, אף שלא היה רשאי על פי דין להוציאה. יחד עם זאת, הוראת סעיף 50(א1) לחוק מע"מ מקנה למנהל סמכות לחייב 'עוסק' בכפל מס תשומות אם מצא כי ניכה  מס תשומות הכלול בחשבונית מס או מסמך הנחזה להיות חשבונית מס, שהוצאה שלא כדין. הוראה זו כוללת סיג שלפיו לא יחויב העוסק בכפל מס התשומות אם הוכיח להנחת דעתו של המנהל כי לא ידע (או שלא יכול היה לדעת) כי החשבונית הוצאה לו בניגוד לדין. ודוק, בעוד שהחיוב בכפל מס תשומות יחול לחול אף ורק על עוסק שניכה בדוחותיו מס תשומות הכלול בחשבוניות מס שהוצאו לו בניגוד לדין, הרי שהחיוב בכפל מס עסקאות יחול לחול על כל אדם שהוציא חשבונית מס על אף שהוא אינו רשאי להוציאה, גם אם הוא אינו רשום כ'עוסק'. כך למשל, כאשר למנהל יש יסוד סביר להניח כי אדם, אף אם הוא לא רשום כ'עוסק' לפי סעיף 52 לחוק מע"מ, מנהל בפועל רשת של עוסקים שכל ייעודם הוא הוצאה של חשבוניות מס פיקטיביות, רשאי הוא לחייבו בכפל מס העסקאות הכלול בכל חשבוניות המס הפיקטיביות שהוציאו כל העוסקים שפעלו תחתיו.

בפסיקה נקבע כי החיוב בכפל מס מהווה מעין סנקציה המשרתת שתי תכליות עיקריות: האחת, תכלית גבייתית-פיסקלית שעניינה השבת מצבה של הקופה הציבורית לקדמותו, לאותו המצב שבו הייתה אלמלא נעשה השימוש בחשבונית שהוצאה שלא כדין; והשניה, יצירת הרתעה מפני שימוש בחשבוניות מס פיקטיביות – סנקציה אזרחית שנועדה למנוע מלכתחילה שימוש בחשבוניות מס שהוצאו בניגוד לדין.

בחיוב הכפל מס טמונה פגיעה משמעותית יותר בזכות הקניין של העוסק, מאשר זו הטמונה בעצם הסמכות לגבות מס (ראו: קביעת שומה לפי מיטב השפיטה). על אף שסמכויות אלה אינן פליליות ולמרות שלצורך הפעלתן לא נדרש המנהל לעמוד בדרישות המחמירות של הדין הפלילי, הן מבחינת המנגנונים הדיוניים והן מבחינת נטל ורמת ההוכחה הנדרשים, בבסיס הסמכות לחייב בכפל מס קיים ממד "מעין עונשי". מכאן גם נובעת האבחנה בין העילה לחייב עוסק בכפל מס לבין העילה לשום אותו בשומה לפי מיטב השפיטה.

​

בכל הנוגע להוצאת שומת תשומות, נקבע בפסיקה שהמבחן שלפיו יוחלט אם לאפשר לעוסק לנכות מס תשומות כנגד חשבוניות שהוצאו שלא כדין יהיה "מבחן אובקייטיבי", שלפיו די בעצם העובדה שהוכח שהחשבונית הוצאה שלא כדין, כדי לשלול את זכאות העוסק לנכות את מס התשומות הכלול בה. ההיגיון באימוץ המבחן האובייקטיבי שאותו אמצה הפסיקה, מבוסס על 'עקרון ההקבלה' במע"מ שפירושו הקבלה בין החיוב במס לזכותו של עוסק לנכות מס תשומות.

 

יחד עם זאת, לצד המבחן האובייקטיבי הנ"ל, בשעתו הכיר בית המשפט העליון בחריג מסוים למבחן זה, שלפיו ראוי לאפשר לעוסק לנכות את מס התשומות הכלול בחשבונית שמבחינה אובייקטיבית הוצאה שלא כדין, אם הוכיח העוסק כי: "לא התרשל ונקט את כל האמצעים הסבירים לוודא כי החשבונית הוצאה כדין, לרבות אימות החשבונית וזהות העוסק. במקרים כאלה, שבהם הנישום (צ"ל –"העוסק" מ.כ.) יוכיח כי לא גילה, או היה יכול לגלות, את הפסול שנפל בחשבונית באמצעים סבירים, יותר לו ניכוי מס התשומות."

​

מאוחר יותר קבע בית המשפט העליון שהמבחנים בנוגע לשומת מס תשומות (ראו לעיל) מחמירים יתר על המידה בכל הנוגע לחיוב עוסק בכפל מס תשומות לפי הוראת סעיף 50(א1), וכי אלה לא עולים בקנה אחד עם לשונה ותכליתה. לפיכך קבע בית המשפט העליון כי לשון הסעיפים הנזכרים מחייבת להחיל – ביחס לסמכות להטיל כפל מס  – מבחן סובייקטיבי, כך שעם קיומו של המבחן האובייקטיבי, קמה חזקה לפיה ידע העוסק שהחשבונית הוצאה שלא כדין. במצב דברים זה מוטל על העוסק הנטל להפריכה, במובן זה שיוכיח כי היה חסר מודעות בכל הנוגע לעובדה שהחשבונית אותה ניכה כמס תשומות – הוצאה שלא כדין.

כאשר גיבש המנהל כוונה לחייב עוסק בכפל מס תשומות, שומה עליו להודיע על כך לעוסק ולזמנו ל"שימוע" במהלכו רשאי העוסק להעלות טענות בעניין ולנסות להוכיח להנחת דעתו של המנהל כי לא יד או לא יכול היה לדעת כי מס התשומות שניכה בדוחותיו התקופתיים היה כלול בחשבוניות שהוצאו לו בניגוד לדין. העוסק זכאי לעיין בחומר הראיות שעל יסודו התגבשה כוונת המנהל לחייבו בכפל מס, והמנהל מחויב להעמיד לעיונו את החומר טרם קיומו של השימוע. 

​

כאן המקום לציין כי המקרים שבהם נוקט המנהל בחיוב בכפל מס דווקא (חלף קביעת שומה לפי מיטב השפיטה) הם ככל כתוצאה מקיומה של חקירה פלילית על עבירות על חוק מע"מ, זאת נוכח הרף הראיתי הדרוש מאת המנהל לצורך הפקת חיוב בכפל מס, שהוא גבוה מזה הדרוש לצורך קביעת שומות לפי מיטב השפיטה. כמו כן ועל אף שהסמכות לחייב בכפל מס נתונה גם למחלקת ביקורת חשבונות במשרדי מע"מ האזוריים, בשנים האחרונות רוב תיקי כפל המס מנוהלים על ידי יחידה חיצונית  - מחלקת ביקורת חשבונות פשיעה חמורה שמקום מושבה בלוד.

כאן המקום לציין שסמכותו של המנהל לחייב אדם או עוסק בכפל מס מוגבלת בזמן. בפסיקה נקבע כי בשונה ממגבלת הזמן של 5 שנים בקביעת שומה לפי מיטב השפיטה, רשאי המנהל לחייב אדם או עוסק בכפל מס, עד 7 שנים ממועד הגשת הדו"ח התקופתי. קביעה זו עלולה להוות פתח לשימוש לרעה בסמכות החיוב בכפל המס, מקום שבו חלפו 5 שנים ממועד הגשת הדו"ח ולא ניתן עוד לקבוע שומה לפי מיטב השפיטה, עלול המנהל לעשות שימוש לרעה בסמכותו ולהשית על אדם או עוסק חיוב בכפל מס עסקאות או תשומות, גם אם אל התקיימו התנאים שבהוראות סעיף 50 לחוק מע"מ. על כן, בכל מקום שבו חיוב אדם או עוסק בכפל מס, מוטב להיוועץ בעורך דין מנוסה שבקי בחיקוקי המס ובמס ערך מוסף בפרט עוד משלם החקירה וביקורת, דרך שלב ה'שימוע' ולבסוף בערעור על ההחלטה בבית המשפט המחוזי.